En su época de Cambridge, Darwin se planteó convertirse en un clérigo anglicano, sin albergar ninguna duda sobre la verdad literal de la Biblia. Sin embargo, su relación con John Herschel así como con la teología natural de William Paley, le hicieron adoptar un pensamiento crítico que buscaba explicaciones más allá del milagro de la creación divina.
En el viaje a bordo del Beagle, Darwin aún buscaba "centros de creación" que justificasen la distribución de las especies. Así, por ejemplo, al ver hormigas león en poblaciones de canguros habló de "dos momentos de creación distintos". Aún seguía siendo bastante ortodoxo y citaba regularmente la Biblia como una autoridad moral.
A su retorno, sin embargo, Darwin era mucho más crítico con el pensamiento creacionista y se planteó por primera vez la posibilidad de que otras religiones, o incluso todas ellas, fuesen igualmente válidas. Los siguientes años, de intensa especulación en torno a cuestiones geológicas y a la transmutación de las especies, hicieron que se plantease muchas cuestiones relativas a la fe, y así lo discutía frecuentemente con Emma, su mujer, quien apoyaba su fe en un estudio y un cuestionamiento igualmente serios.
Para Darwin, la selección natural le generaba de por sí esa "perfección", pero eliminaba la necesidad de un "diseño divino", al tiempo que comprometía el lugar de ese "Dios bondadoso" en la Creación, al observar cómo algunos organismos paralizaban a otros para convertirlos en comida viviente para sus crías. Sin embargo, consideraba la vida como un conjunto de organismos perfectamente adaptados, y en el Origen exponía algunos argumentos teológicos. Aunque por entonces consideraba la religión como un mecanismo estratégico de supervivencia Darwin aún creía que, en último término, Dios era el "dador de vida".
Darwin continuó desarrollando un papel muy activo en las tareas de su parroquia, pero hacia 1849 comenzó a dedicar el tiempo que su familia pasaba en el templo a dar paseos en soledad. Aunque era reticente a manifestar su opinión sobre cuestiones religiosas, en 1879 afirmó que nunca se había considerado un ateo, y que el término agnóstico"sería una descripción más correcta de mi estado de ánimo".
Todos estos años hemos visto claro que el hombre es un primate que por la evolución hemos llegado a donde estamos, sin ningún dios ni nada por el estilo.
Este homenaje a Darwin es para darles un puñetazo en toda la cara a los retrasados que creen en el creacionismo, tal vez Adán y Eva era dos seres unicelulares que surgieron en la tierra.
